時は群雄割拠の戦国時代、　　覇王・豊臣秀吉の起こした動乱は終結した。だが、戦乱の世は未だ終わることなく、覇王の不在は新たな戦を日ノ本に呼ぶ……!　　一つは奥州に闇あり。伊達政宗の前に現れた修羅の如

人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“ＧＩＲＬＳ”に、新人としてアギラ、ミクラ