规模南迁江东，史称“衣冠南渡”。
此时，琅琊王司马睿在王导的辅佐下，已抵达建康（今江苏南京），但根基未稳，江东本土士族对这位北方来的皇族心存疑虑，不愿归附。
关键时刻，王敦从扬州起兵，率军前往建康，与王导形成“一内一外”的辅佐格局：王导主内，负责联络江东士族、制定治国方略，以“镇之以静”的策略稳定朝局；王敦主外，手握重兵，负责平定四方叛乱、巩固疆土，以军事威慑保障政权安全。
建武元年（317年），在王敦、王导等人的拥戴下，司马睿正式称晋王，建立东晋政权；次年，司马睿登基称帝，是为晋元帝，东晋王朝就此建立。
东晋建立之初，司马睿深知自己能在江东立足，全靠琅琊王氏的支持，因此对王敦、王导兄弟格外倚重。
王导被任命为丞相，执掌朝政；王敦则被任命为镇东大将军、都督江扬荆湘交广六州诸军事，坐镇荆州，手握东晋最精锐的军队，掌控长江中上游的战略要地。
时人传唱“王与马，共天下”，生动描绘了琅琊王氏与司马氏皇族平分天下的政治格局，而王敦正是这一格局中军事力量的核心支柱。
东晋建立初期，江南局势并不稳定：北方南迁士族与江东本土士族因土地、资源分配产生尖锐矛盾；地方豪强割据一方，不听朝廷号令；流民起义频发，严重威胁政权安全。
王敦以荆州为基地，先后发动了一系列军事行动，逐一平定了江南的割据势力与叛乱。
首先，王敦率军讨伐不服朝廷管辖的江州刺史华轶。
华轶是北方士族出身，自恃名望，拒绝承认司马睿的东晋政权，拥兵自重。
王敦亲率大军出征，采用“分化瓦解+军事强攻”的策略，一方面拉拢华轶麾下的将领，另一方面集中优势兵力猛攻江州治所武昌，最终斩杀华轶，收复江州，将长江中游的军事要地纳入掌控。
随后，王敦又率军平定了杜弢领导的流民起义。
杜弢是益州流民首领，因不堪东晋官吏的压迫，在湘州发动起义，队伍迅速发展到数万人，先后攻占长沙、武昌等重镇，威胁建康安全。
王敦任命陶侃为前锋都督，自己坐镇后方指挥，采取“围点打援、逐步蚕食”的战术，历经数年苦战，最终彻底镇压了起义，稳定了湘州、荆州的局势。
通过这一系列军事行动，王敦不仅平定了江南的叛乱，更将东晋的疆域扩展到荆、江、扬、湘、交、广六州，建立起以长江为防线的军事屏障，为东晋政权的稳固奠定了坚实的军事基础。
与此同时，他的个人威望也达到了顶峰，成为东晋朝廷中无人能及的军事强人。
随着军事功勋的积累与地盘的扩大，王敦的权势日益膨胀，逐渐超出了晋元帝司马睿的掌控范围。
他在荆州、江州等地自行任免官吏，征收赋税，形成了独立于朝廷的地方割据势力；他大肆安插亲信与琅琊王氏子弟担任要职，朝堂之上，王氏子弟遍布，形成了“王氏子弟皆列卿相”的局面；甚至连东晋的禁军，都有他的亲信渗透，司马睿的一举一动都在他的监视之下。
晋元帝司马睿虽为皇帝，却形同傀儡，对王敦的专权日益不满。
他深知，若任由王敦势力发展，东晋政权终将被琅琊王氏取代。
于是，司马睿暗中扶持刘隗、刁协等寒门出身的大臣，试图通过他们削弱王氏势力：任命刘隗为镇北将军，率军驻守淮阴，以防备王敦；任命刁协为尚书令，执掌中枢政务，推行抑制门阀的政策；同时，司马睿还试图收回王敦的兵权，限制其任免官吏的权力。
司马睿的这些举措，彻底激化了他与王敦之间的矛盾。
王敦自恃拥立之功与军事优势，对司马睿的“削权”行为极为不满，多次上书朝廷，指责刘隗、刁协“谗佞惑主，擅作威福”，要求罢免二人。
但司马睿不为所动，反而进一步加强对王敦的防范。
双方的矛盾从暗中角力
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