nbsp; 2. 诸子百家门（收录儒、道、法、墨、名、农、兵、阴阳等诸子著作，并增“新学滥觞”子目，收录格物院新出之理论文章、假说探讨，如“日心说”之辩论文稿，仅作为一家之言收录）。
3. 天象历算门（分天文、历法、算术三大部分。天文部不仅录传统星象分野、占验之说，更以大量篇幅收录司天台、格物院地舆馆最新观测数据、星图、仪器制法，并列浑天、宣夜、日心（作为假说）诸说。算术部则以新符号、新方法系统整理《九章算术》等，并加入李瑾引入的几何、代数初步知识，强调演算过程与实用例题）。
4. 地理舆图门（以《坤舆万国全览草图》及其绘制方法、测量术为基础，系统收录大唐及四夷地理、山川、气候、物产、城池、道路、航道，并附详细图说、比例尺、图例规范，首次将精确制图学系统纳入）。
5. 格物致知门（全新门类，下设力学、热学、声学、光学、磁学等子目，收录杠杆、滑轮、浮力、镜鉴、钟律等原理探究与实验结果，强调实验、数据、结论）。
6. 化机工巧门（全新门类，融合传统炼丹、冶金、陶瓷、染色、酿造等，按物质变化分类，收录物质性质、反应现象、提纯方法、合金配方、火药配制、新式焦炭炼铁法等，强调流程、配方、安全）。
7. 舟车军械门（收录船舶、车辆、桥梁、宫室等营造法式，以及各种兵器、甲胄、攻城器械、新式火器的制造图纸、用料、工艺，特别是飞轮船、新型海鹘舰、火炮、火枪的详细制法和操作规程）。
8. 农桑医道门（分农桑、医药两大块。农桑部收录新式农具、育种、嫁接、轮作、施肥、除虫、水利之法。医药部下设“医经”、“本草”、“方剂”、“解剖”、“外科”、“防疫”等子目，系统整理《黄帝内经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等，并加入格物院医道馆新编的人体结构图、手术器械图、消毒法、麻醉法、常见病防治手册等）。
9. 博物志异门（收录各地物产、奇珍、异兽、草木、矿物图谱及特性，以及海外传入的动植物、香料、宝石等，注重形态描绘、产地、用途，兼具知识性与趣味性）。
10. 艺文杂纂门（收录诗赋文章、琴棋书画、礼仪乐律等，体现“道艺合一”）。
此分类法一出，满座哗然。传统派大儒指责其“悖逆伦常，尊卑倒置”，“竟将匠作之术与圣贤经传并列，成何体统！” 甚至有人以辞职相威胁。
李瑾毫不退让，他搬出了武后的旨意和“经世致用”的大旗，并请出几位支持新政的务实派重臣如刘仁轨、裴行俭等为之声援。更重要的是，他展示了格物院部分已编纂成册的“教材”和实验记录，其条理之清晰、叙述之准确、图文之并茂、数据之详实，远非传统类书中那些语焉不详、充满神秘色彩的描述可比。他反问：“若依旧例，将火器制法归入‘兵略’或‘器用’，寥寥数语，后人何以依之制造、改良？若将防疫之法散入‘医方’，而无病理、传播之说明，何以应对时疫？此典既为‘宝典’，当使后人开卷有益，按图可索，习之能用，方不负‘开元’之名！”
争论持续了数月。最终，在武后的默许和部分开明官僚的支持下，李瑾
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