之前那些敷衍了事、贪污受贿的官员，要么被罢免，要么收敛了行为；而那些正直能干的官员，如海瑞、徐光启等人，则得到了升迁，成为了新政的中坚力量。
在经济方面，程一言继续扩大海贸规模。除了厦门、澳门的港口，他又在浙江的寧波、福建的泉州设立了新的市舶司，允许民间商人申请“海贸执照”，参与海外贸易。
为了保护商人的利益，他还制定了《海贸律法》，明確规定：
-商人只需缴纳百分之十的关税，任何官员不得额外收取苛捐杂税；
-若商人的货物在运输途中被海盗劫掠，官府需协助追查，若追查无果，由常平库给予一定的补偿；
-外国商人在大明境內的合法权益，受《海贸律法》保护，不得隨意欺压。
《海贸律法》的颁布，让民间商人的积极性空前高涨。
福建的郑芝龙家族，原本只经营沿海贸易，如今也组建了庞大的远洋船队，前往欧洲、东南亚进行贸易；
广东的香山澳商人，则与西班牙东印度公司合作，將大明的丝绸运往美洲，换取当地的白银和香料。据户部统计，万历元年上半年的海税收入达到了三百万两，比隆庆三年全年还多了五十万两，占国库总收入的三成以上。
在农业方面，程一言继续推广土豆、玉米、番薯等新作物。他让人在全国范围內设立了“农学堂”，每个州县都有一所，邀请经验丰富的老农和懂西方农学的传教士担任老师，向农民传授种植技术。
农学堂还免费发放种子和《土豆种植图谱》，图谱上详细介绍了土豆的播种时间、施肥方法、病虫害防治措施，甚至还画了如何將土豆做成各种食物，如烤土豆、土豆饼、土豆粉等。
为了改善农田灌溉条件，程一言还下令疏浚黄河、淮河的河道。他任命水利专家潘季驯为治河总督，让他借鑑《泰西水法》中的技术，在黄河沿岸修建了多座水闸和堤坝，既能防洪，又能引水灌溉。
经过两年的努力，黄河、淮河的水患大大减少，沿岸的数百万亩荒地变成了良田，新作物的种植面积也扩大到了五千万亩。
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