中一动，没想到自己之前闲聊时根据现代常识提到的防疫问题，李世民竟记在了心里。他当即应下：“谨遵二公子之命，杨某会结合太医药典与实际情况，草拟几条防疫章程。”
会议散去，众人各司其职。杨军带着李世民的手令，在薛仁贵及二十名精锐军士的护卫下，首先前往位于皇城内的左藏库、右藏库及司农寺、太府寺等相关衙署。
景象堪称混乱。一些库房有被乱兵试图闯入的痕迹，门锁破损，地上散落着杂物。留守的小吏和库丁面如土色，跪伏一地。杨军没有呵斥，而是温言安抚，表明只清点物资，不追究前责，但要求务必如实呈报。同时，令薛仁贵带人把守各处门户，严禁闲杂人等靠近。
清点工作繁琐而细致。杨军发挥了项目管理者的特长，设计简单的表格，分门别类登记：绢帛多少匹、粮食多少斛、金银铜钱各若干、甲胄兵器几何、各类物资存储状况……他要求薛仁贵等人不仅计数，还要检查存储环境，是否有霉变、虫蛀、锈蚀。对于账册，则要求与实物核对，发现明显不符或混乱之处，仔细询问记录。
连续数日，杨军几乎泡在这些库房和档案室里。他发现，隋朝留下的家底比想象中要薄，尤其是粮食。大兴城（长安）的官仓虽然仍有存量，但考虑到接下来要供养大军、赈济百姓、应付可能的需求，并不宽裕。而记录田亩户口的图籍更是混乱不堪，许多还是大业初年的旧册，与现状严重脱节。
“杨先生，这些数目字看得人头昏眼花，真有这么大用处？”薛仁贵帮着搬运竹简木牍，忍不住问道。在他看来，打仗靠的是勇气和谋略，这些枯燥的账本似乎无关紧要。
杨军放下手中的算筹，揉了揉发涩的眼睛，认真道：“薛兄弟，须知‘兵马未动，粮草先行’。这些数字，就是粮草，就是兵力，就是民心。知道我们有多少粮，能养多少兵，能赈济多少百姓，关中能征多少赋税，未来打仗、施政才能心中有数，不至于盲目。比如，我们现在知道太仓存粮约三十万斛，若全军及长安人口按目前规模，仅能支撑四五个月，这就提醒我们必须尽快恢复关中生产，或从它处筹粮。又如，旧籍载关中在册户数五十余万，但经大业年间征役、灾荒、战乱，实际存户可能不及一半，未来均田、征税，都需重新清查，这又是大事。”
薛仁贵似懂非懂，但见杨军说得郑重，也肃然点头：“先生说的是，是某短见了。”
在清点过程中，杨军也发现了问题。一些库吏支支吾吾，账目有明显涂改或缺失迹象；管理混乱，锦绣与霉粮杂处，新弓与锈剑同库。他将这些问题一一记录在案。
与此同时，他也开始草拟防疫条例。基于现代常识和能找到的古代医书，他提出了几条简单易行的建议：战死及病死尸体须尽快集中深埋；划定城内特定区域集中处理污物，严禁随意倾倒；督促军民注意饮水清洁（建议煮沸）；发现发热、呕吐、腹泻者集中隔离观察；命令军中医官配制一些常用的清热解毒药草，分发各营备用。他将这些写成条陈，通过薛仁贵呈给了李世民。李世民看后，立刻批转给负责民政的房玄龄和主管军务的杜如晦，要求酌情推行，尤其是军中必须严格执行。
数日后，李渊率领的唐军主力抵达长安，声势浩大。李渊入住原隋朝皇宫，但举止克制，并未急于举行登基大典，而是依照与李世民等人商定的策略，先上演了一出“君臣大戏”。
他率领文武百官，恭
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