次日，皇帝密旨批复，只有两个字：“可试。” 并指定了由内侍省安排的三名死囚，皆是身犯重罪、秋后问斩之人，已取得其“自愿”画押（在减刑或家人获抚恤的承诺下）。试种地点，设在皇城最西北角、靠近夹城的一处废弃小院，与外界完全隔绝，由刘神威挑选的两名绝对可靠的太医署学徒和两名皇帝指派的哑巴内侍负责照料和监视。
取“痘苗”的过程极为谨慎。刘神威亲自带着特制的、经过沸煮和烈酒擦拭的薄银刀、琉璃片、密封瓷瓶，再次前往昭行坊赵家。他以“此牛之疾恐有变症，需取些痂皮回去研配药物”为由，取得了赵家同意，小心翼翼地刮取了数片最干燥、看起来相对“纯净”的痂皮，放入瓷瓶密封。又额外给了赵家一笔钱，叮嘱他们近期勿卖此牛，勿让人接触其痂皮，并承诺日后还会再来查看。赵家得了钱，自然满口答应。
废弃小院中，三名死囚被单独隔离在三间相邻的、经过硫磺熏蒸的净室。刘神威在李瑾的“理论指导”下，将痂皮研磨成极细的粉末，与少量蒸滤放凉的无菌水混合，调成稀糊。然后，用煮沸过的银针，蘸取糊状“痘苗”，在每名死囚的左臂外侧，轻轻划破一道极浅、约半寸长的表皮，抹上痘苗，覆以洁净纱布。
接下来，便是漫长而焦灼的等待观察期。刘神威带着一名学徒，亲自住在小院隔壁，每日数次为三名死囚检查体温、观察划痕处反应、询问身体状况，并详细记录。李瑾虽不能亲临，但每日都能通过特定渠道得到刘神威递出的记录副本。
第一天，划痕处轻微红肿，三人皆无异常。
第二天，划痕处红肿稍增，其中两人有轻微发热（约三十七度五），一人无恙。
第三天，红肿处开始出现细小水疱，三人皆有低热，但精神尚可，食欲未减。
第四天，水疱增大，清澈明亮，体温在三十七度八至三十八度二之间徘徊，三人自述局部瘙痒、微痛，有轻微乏力感，但无头痛、恶寒、全身出疹等严重症状。
第五天，水疱达到最大，个别开始变得浑浊，体温最高一人也未超过三十八度五。刘神威记录：三人“虽有热，然神清，问答如流，可进粥食”。
第六天，水疱开始干燥、结痂，体温逐渐恢复正常，局部瘙痒减轻。
第七天，痂皮形成，三人除手臂结痂处外，全身再无新出皮疹，饮食、睡眠、精神几乎恢复正常。
整个过程中，三名死囚的症状，与之前昭行坊赵家妇人描述的经历极为相似：局部反应为主，伴有短暂低热和轻微全身不适，但无任何危及生命的严重症状，更未出现全身性、脓疱性的天花典型皮疹！
刘神威激动得手都在颤抖，在第八日的记录末尾写道：“试种三人，皆顺利出‘痘’，其症轻微，七日而安，现痂皮将脱。较之人痘之凶险，不啻天渊。牛痘预防人痘之说，或可成矣！” 他将记录和亲自绘制的手臂痘痕演变图，一同密呈皇帝。
与此同时，东宫太子的病情，在太医署竭尽全力、王皇后亲自督护下，似乎也勉强稳住了，没有继续恶化，但亦无好转迹象，持续低热，脓疱缠绵，咳喘时轻时重，人已消瘦脱形，终日昏沉。皇帝李治承受着巨大的精神压力，一方面忧心太子，一方
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